Le territoire du Parc national se situe dans deux bassins hydrographiques français : Adour-Garonne et Rhône-Méditerranée. Un bassin hydrographique est un bassin versant de grande taille qui draine un réseau de cours d’eau jusqu’à la mer.

Chaque bassin hydrographique est géré par un Schéma Directeur d’Aménagement et de Gestion des Eaux, autrement appelé SDAGE. Ils fixent ainsi les principales orientations de gestion de la ressource en eau et piscicole. Afin d’améliorer la gestion de la ressource en eau au sein d’un territoire, ils sont eux-mêmes sous divisés en Schéma d’Aménagement et de Gestion des Eaux ou SAGE.

Les SAGE s’appliquent à l’échelle d’un ensemble de sous-bassins. Ils sont élaborés par une Commission Locale de l’Eau (CLE) et mis en œuvre au travers de contrats de rivière. Lorsqu’une rivière se trouve en cœur de Parc, l’établissement public siège au sein de la CLE correspondante et participe à la rédaction des SAGE afin de :

• Participer à la gestion concertée de l’eau
• Approfondir et participer la connaissance du fonctionnement des bassins versant
• Accompagner le territoire, notamment par les autorisations de travaux autour de l’eau, via sa réglementation spécifique

En tout, le territoire du Parc national est concerné par sept contrats de rivière / SAGE. 

Le Parc tente ainsi de répondre aux questions :

• Quelles espèces vivent dans les rivières ? Pourquoi et comment ?
• Comment évolue de manière quantitative la ressource en eau ?
• L’eau est-elle de bonne qualité à l’échelle du territoire ?
• Comment concilier les différents usages

L’établissement public organise actuellement deux suivis, l’un sur les relations entre les zones humides et les cours d’eau, puis le second sur l’effet de la culture des oignons doux sur la qualité de l’eau. Cette dernière étude, comprise entre 2019 et 2021, a été demandée par la coopérative Oignons doux des Cévennes et la Chambre d’agriculture du Gard afin d’évaluer l’impact des cultures sur l’écosystème local. Elle est financée par les fonds européens de développement européen, la région Occitanie, l’Agence de l’eau RMC, et le BRGM.